1987 – LP single Faraó – Divindade do Egito (com Djalma Oliveira)
Dois anos depois de ter começado a fazer teatro amador em Salvador, Margareth foi convidada por Djalma Oliveira para gravar, junto a ele, o LP single com a música de Luciano Gomes. Vendeu mais de 100 mil cópias.

1988 – LP Margareth Menezes (Polygram)
Primeiro álbum de Margareth. Rendeu Troféu Imprensa de melhor disco e de melhor cantora. O show foi apresentado por todo o Brasil e também na Argentina. Entre as músicas, destacaram-se Tenda do Amor (Magia) e Elegibô (Rey Zulu e Ythamar Tropicália).

1991 – CD Um canto pra subir (Polygram)
Um ano depois de integrar a turnê internacional Rei Momo, do grupo Talking Heads (David Byrne), a cantora lançou o álbum. O CD contou com a participação de David Byrne, foi lançado também nos EUA pela Mango/Island Records e foi o primeiro de uma série com arranjos de Ramiro Mussoto e Pedro Giorlandinni. Ifá – um canto pra subir, e Marmelada foram algumas das músicas que compuseram o repertório.

1992 – CD Ellegibô (Polidor)
Álbum lançado apenas nos EUA, Europa e Japão, pela gravadora inglesa Polidor.

1993 – CD Kindala (Polygram)
Kindala, que em Yorubá quer dizer “lábios grandes”, contou com a participação de Jimmy Cliff. O álbum ficou por 10 semanas na Billboard World Albums (ocupando a 2° posição) e rendeu a primeira indicação de Margareth ao Grammy mundial.

1994 – CD Luz dourada (Polygram)
Último álbum de Margareth com arranjos de Mussoto e Giorlandinni. Entre os destaques do repertório, Vou mandar e Raça Negra.

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1995 – CD Gente de festa (Continental)
Álbum que contou com as participações de Caetano Veloso e Maria Bethânia nas musicas Ilê Que Fala De Amor e Sou Araketu.

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2001 – CD Maga Afropop brasileiro (Estrela do Mar)
Com produção de Carlinhos Brown e Alê Siqueira, o álbum contou com as participações de Daniela Mercury e Ivete Sangalo e teve como grande hit Dandalunda (composta por Brown). O trabalho evidencia o lado compositora de Margareth, que assina cinco canções (Preciso, Moderninha, Pelo mar lhe mando flor, Despertar e Nego Doce – a última em parceria com Brown).

2003 – CD Tete a Tete (Estrela do Mar)
A gravação do primeiro CD ao vivo de Margareth contou com as participações de Carlinhos Brown e da banda Cidade Negra. O show aconteceu na Concha Acústica (Salvador) e reuniu mais de 11 mil pessoas. Nele, os sucessos Toté de Maianga, Alegria da Cidade, Marmelada e regravações de O Quereres (Caetano Veloso), Carinhoso (Pixinguinha), Blowing in the Wind (Bob Dylan) e Noite dos Mascarados (Chico Buarque).

2004 – CD/DVD Ao vivo no Festival de Verão Salvador
Com as participações de Alcione e da bateria da Mangueira, Margareth gravou seu 1º DVD, que vendeu mais de 50 mil cópias. Na época, depois de matérias nos jornais The New York Times, Le Monde e Washington Post, Margareth foi apelidada pelo Los Angeles Times de “Aretha Franklin brasileira”.

2006 – CD Pra você (EMI Music)
Álbum com participações de Ivete Sangalo (Como Tu) e Cláudio Zoli (Só eu e mais ninguém) e produção de Moogie Canazio (já assinou álbuns de Maria Bethania e Caetano Veloso). No repertório, músicas como Abanaê, Boléia Brasil, Versos de amor e Miragem na Esquina. No mesmo ano a cantora brilhou no Ano do Brasil na França e na Copa da Cultura em Berlim.

2006 – CD/DVD Brasileira (EMI Music)
O CD que homenageia o samba reggae e faz releituras ao vivo de grandes sucessos da carreira de Margareth. Participam do álbum Carlinhos Brown (Lenda Yorubá), Mateus Aleluia e Saul Barbosa (Cordeiro de Nanã/Deixa A Gira Gira/Atabaque Chora). Foi com esse álbum que Margareth recebeu sua segunda indicação ao Grammy.

2008 – CD Naturalmente (MZA Music)
Fruto da parceria com Marco Mazzola (MZA Music), o CD mostra um lado mais intimista da cantora, com canções de Nando Reis, Zeca Baleiro, Gilberto Gil, Marisa Monte, Arnaldo Antunes, Chico César, Luís Represas e Roberto Mendes. A própria Margareth assina a faixa Lua no Mar, junto com seu marido, Robson Costa. Na faixa Mulher de Coronel, Maga divide os vocais com Gilberto Gil e em Um Caso a Mais, a participação fica por conta do português Luís Represas.

2010 – CD/DVD Naturalmente acústico (MZA Music)
Derivado do CD Naturalmente (2008), o DVD mistura videoclipes, bastidores e conversas. Conta com as participações de Carlinhos Brown (Amor Ainda), Luís Represas (Um Caso a Mais), Roberto Mendes (A Beira e o Mar), Marivaldo Stomp (Côco do M) e Saul Barbosa (Gracias a la vida). Naturalmente Acústico, é uma co-produção do Canal Brasil com a MZA Music e Estrela do Mar Produções.